之前在 Jupyter notebook server 搭建 一文中,我们介绍了:非root用户如何在Linux服务器下搭建jupyter notebook环境,并通过本地电脑的浏览器连接该环境进行编程。但是该环境只包含了Python语言,如果想要使用R语言,则需要根据本文进行下述操作。
argparse 是python自带的命令行参数解析包,可以用来方便地读取命令行参数,当你的代码需要频繁地修改参数的时候,使用这个工具可以将参数和代码分离开来,让你的代码更简洁,适用范围更广。
数据库中下载或来源于药物公司的小分子数据往往是2D结构的sdf格式数据。但我们所使用的虚拟筛选却对输入数据有一定的格式要求,如DOCK6要求为mol2格式、AutoDOCK为pdbqt格式。因此,我们需要对2D格式构建出3D结构,并且转换为所需数据格式。开源软件Openbabel可以完成该步骤。
无论在药物设计还是分子模拟等研究中,蛋白质结构信息都是必需的。结构生物学领域能够利用扫描电镜,核磁共振以及X衍射等手段获取大多数蛋白质的结构。然而,一方面,蛋白质结构的解析工作需要专业平台来完成,可是很多实验团队并不具备这样的平台;另一方面,在如疾病暴发等应急情景下需要迅速获取蛋白结构信息。此时,我们可以选择蛋白质结构预测的方式开展工作。