简介

之前在 Jupyter notebook server 搭建 一文中,我们介绍了:非root用户如何在Linux服务器下搭建jupyter notebook环境,并通过本地电脑的浏览器连接该环境进行编程。但是该环境只包含了Python语言,如果想要使用R语言,则需要根据本文进行下述操作。

安装R语言

  1. 可以在官方网站进行下载安装,这里介绍一篇相关的 教程文章
  2. 使用Miniconda 或 conda 进行安装。例如,我们使用之前已经安装好的Miniconda来进行R语言的安装。
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    # 查看conda包含的R语言版本信息
    conda search R
    得到以下的输出结果:
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Loading channels: done
# Name                       Version           Build  Channel
r                              3.1.2               0  pkgs/r
r                              3.1.2               1  pkgs/r
r                              3.1.2               2  pkgs/r
r                              3.1.2               3  pkgs/r
r                              3.1.3               0  pkgs/r
r                              3.2.0               0  pkgs/r
r                              3.2.1               0  pkgs/r
r                              3.2.2               0  pkgs/r
r                              3.3.1        r3.3.1_0  pkgs/r
r                              3.3.1        r3.3.1_1  pkgs/r
r                              3.3.2        r3.3.2_0  pkgs/r
r                              3.4.1        r3.4.1_0  pkgs/r
r                              3.4.2      h65d9972_0  pkgs/r
r                              3.4.3        mro343_0  pkgs/r
r                              3.4.3          r343_0  pkgs/r
r                              3.5.0        mro350_0  pkgs/r
r                              3.5.0          r350_0  pkgs/r
r                              3.5.1        mro351_0  pkgs/r
r                              3.5.1          r351_0  pkgs/r
r                              3.6.0           r36_0  pkgs/r

这里选择安装最新的 3.6.0 版本进行安装。

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# 根据需求,决定是否另外创建一个虚拟环境。这里直接安装到默认的环境中。
conda install R=3.6.0

安装必要的R语言包

检查上一步骤中安装的R语言是否成功,以及是否在默认环境中。

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which R

# 我们这里得到如下结果,证明安装的R语言是在默认系统环境里的。
# /data/home/bugaosuni/miniconda3/bin/R

直接启动R语言。

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R

在R语言中安装下列的必要包。

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install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'evaluate', 'crayon', 'pbdZMQ', 'devtools', 'uuid', 'digest'))
devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')

执行完上一个步骤之后,进行以下操作。

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# 只在当前用户下安装
IRkernel::installspec()