相关说明

PyMOL 是一个开放源码,由使用者赞助的分子三维结构显示软件。由 Warren Lyford DeLano 编写,并且由 Delano Scientific LLC 商业化。

PyMOL 适用于创作高品质的小分子或是生物大分子(特别是蛋白质)的三维结构图像,在所有正式发表的科学文献中蛋白质结构图像中,约四分之一是使用PyMOL来制作。

软件以 Py+MOL 命名:“Py” 表示它是由计算机编程语言Python所衍生出来的;“MOL” 表示它是用于显示分子(molecule)结构的软件。

直接在PyMOL官方网站下载的PyMOL需要购买licence才可使用。免费版本需要自行从源码进行编译。

第一步:安装anaconda(或 minianaconda)

  1. 为了节约磁盘,我们选择安装 minianaconda。进入minianaconda官网 ,选择windows 64bit python3版本进行下载。
  2. 安装 miniconda:安装过程中建议勾选”将miniconda路径设置到环境变量中”。

第二步:下载安装PyMOL

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  1. 从 这个网站 下载pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl文件(PyMOL的源码文件)。需要说明的是,cp37指的是python3.7。如果anaconda对应的python版本是3.8,则下载cp38。
  2. 打开pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl文件保存的目录。Shift + 鼠标右键在当前目录下打开Powershell。
  3. 于Powershell下运行下面命令,安装pmw:
    1
    pip install pmw
  4. 于Powershell下运行下面命令,编译安装PyMOL:
    1
    pip install pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl
  5. 在 miniconda安装目录/script/ 下有一个pymol.exe文件,即PyMOL程序,可以为它创建一个桌面快捷键。

    例如 C:\Users\liang\Miniconda3\Scripts\pymol.exe

PyMOL 使用教程

  1. https://en.wikipedia.org/wiki/PyMOL
  2. http://pymol.chenzhaoqiang.com/intro/startManual.html